Помимо выставочной деятельности, музей занимается научными исследованиями и содействует реставрации памятников архитектуры. В структуру музея входят филиалы: Музей Мельниковых, трапезная палата XVII века, расположенная в здании Аптекарского приказа, выставочное пространство «Руина», а также научные отделы хранения фондов, библиотека, архив, реставрационные мастерские, фототека, отдел популяризации архитектуры, отдел развития[. По состоянию на 2018 год музейный фонд содержит более миллиона экспонатов: оригинальные чертежи, модели домов, фотографии и архивные документы.

Ввиду того, что в Европе собрания архитектурных проектов, рисунков, моделей и архитектурной фотографии, как правило, являются частью музеев изобразительных искусств или музеев декоративно-прикладного искусства, а отдельные музеи архитектуры (например, во Франкфурте и Вене) невелики, Музей архитектуры имени А. В. Щусева считается крупнейшей институцией такого профиля в мире.

Виртуальный тур по ссылке

Сайт музея